proLB

Versions

Les version suivantes du logiciel ProLB sont installées sur le calculateur Newton :

Com posan te-ve rsion

Chemin d’installation

Module/Soft pré-requis

L BPre- 2.8.0

PATH_LBPre=/softs/m anual/lmfa/ProLB/LBPre_2.8.0_gcc-4.8.5

L BPre_ 2.6.3

PATH_LBPre=/softs/m anual/lmfa/ProLB/LBPre_2.6.3_gcc-4.9.4

GCC au moins 4.9

LBP re-2. 6-dev

PATH_LBPre=/softs/manual/lmfa/Pro LB/LBPre_master_gcc-4.9.4_linux_x86_64

L Bpre- 2.4.2

PATH_LBPre=/softs/manual/lmfa/ ProLB/LBpre-2.4.2_gcc-4.8_linux_x86_64

LBso lver- 2.8.0

PATH_LBsolver=/softs/manual/lmfa/Pr oLB/LBsolver_2.8.0_gcc-8_openmpi-3.1.5

OpenMPI/3 .1.1-GCC-7.3.0-2.30 au moins (à confirmer)

LBso lver- 2.6.1

PATH_LBsol ver=LBsolver_2.6.1_gcc-8_openmpi-3.1.5

OpenMPI/3 .1.1-GCC-7.3.0-2.30 au moins

LBso lver- 2.5.0

PATH_LBsolver= /softs/manual/lmfa/ProLB/LBsolver_v2.5 .0_OpenMPI-1.10.4_gcc-4.9_linux_x86_64

foss/2016a

LBso lver- 2.4.2

PATH_LBsolver =/softs/manual/lmfa/ProLB/LBsolver_2.4 .2_OpenMPI-1.10.4_gcc-4.9_linux_x86_64

foss/2016a

L’accès à ces répertoires est restreint au groupe prolb des utilisateurs autorisés du logiciel (contact : emmanuel.leveque@ec-lyon.fr)

Utilisation

La documentation complète du logiciel se trouve dans /softs/manual/lmfa/ProLB/docs

En particulier, vous pouvez consulter les versions du 2021-11-16 en format html :

  • LBPRE-User_manual-MAN-2021-11-16

  • LBSOLVER-manual-MAN-2021-11-16

Pour utiliser le logiciel, il est nécessaire d’indiquer le chemin du serveur de licence dans votre environnement :

export LABS_LICPATH=27004@licserver.mecaflu.ec-lyon.fr

LBPre

L’interface graphique LBPre est accessible à partir des machines de prepost :

vglrun $PATH_LBPre/bin/lbpre

(où PATH_LBPre est à remplacer (ou à définir au préalable) comme dans le tableau ci-dessus)

LBsolver

Le solveur LBsolver s’exécute par la commande

$PATH_LBsolver/bin/LBsolver.exe

(où PATH_LBsolver est à définir au préalable comme dans le tableau ci-dessus)

Pour l’exécution du solveur, il est nécessaire de charger le module OpenMPI (version minimale cf. dans le tableau ci-dessus)

Compatibilité LBsolver - LBPre

Note : Généralement il faut utiliser les mêmes numéros des versions majeures (p.ex LBPre_2.6.3 avec LBsolver-2.6.1). Sinon, il peut y avoir des problèmes de compatibilité .

Exemple de script de lancement du solveur ProLB sur Newton

#!/bin/bash
#
#SBATCH --job-name=My_Job_Name               # Name of the job to launch
#SBATCH --output=My_Job_Name__%j.out         # Output file
#SBATCH --error=My_Job_Name__%j.err          # Error log file
#SBATCH --mail-user=Me.Myself@and_I.fr       # E-mail address for communication
#SBATCH --mail-type=ALL
#
#SBATCH --partition=skylake                  # Chosen queue
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --nodes=4                            # Number of nodes requested
#SBATCH --ntasks-per-node=32                 # Number of cores per node requested
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH -t 14:00:00                          # Wall-clock time requested hh🇲🇲ss

### In case of crash due to lack of RAM memory to process the job,
### one or the other following options (but not both at the same time) could be tried :

##SBATCH --mem-per-cpu=6000 # Amount of RAM memory required per core, in Mo
##SBATCH --mem=128000       # Amount of RAM memory required per node, in Mo

#SBATCH --export=NONE       # These two options need to be used to launch a job
SLURM_EXPORT_ENV=ALL        # on partitions "haswell" and "skylake" being connected independently
                            # to one or the other (fails with "cascade" so far)

module purge
module load OpenMPI/3.1.1-GCC-7.3.0-2.30

export LABS_LICPATH=27004@licserver.mecaflu.ec-lyon.fr

WORKDIR="My_Working_Directory"
RESULTDIR="My_Results_Directory"
LABSPROB="My_Labs_Problem.labs"

PATH_LBsolver=/softs/manual/lmfa/ProLB/LBsolver_2.6.1_gcc-8_openmpi-3.1.5
EXEC=$PATH_LBsolver/bin/lbsolver

SCHEMEDIR=$PATH_LBsolver/schemes/

NPROCS=128
MYOPTIONS=" $LABSPROB -s $SCHEMEDIR -m 4000"

mpirun -np $NPROCS $EXEC $MYOPTIONS >& ${WORKDIR}/My_Job_Name__${SLURM_JOB_ID}.out

Tips and Best Practices for ProLB simulations

https://eleveque.pages.in2p3.fr/bricoprolb/index.html