ParaView

ParaView est un logiciel open source de visualisation et d’analyse de données.

Versions disponibles

Plusieurs versions sont accessibles via des modules. Sur les machines, utilisez la commande

module avail |& grep -i paraview

pour voir ce qui est disponible. Charger le module définit les variables d’environnement nécessaires.

Utilisation

Vous ne devez pas exécuter l’interface graphique du client ParaView à distance, car le transfert X11 n’est pas efficace. Vous devez soit vous connecter sur l’une des machines prepost et exploiter les modes client-serveur de X2Go ou VirtualGL, soit exécuter ParaView en mode client-serveur.

Exécution de ParaView dans un bureau distant

Connectez-vous via X2Go aux machines de prepost, et une fois connecté, ouvrez un terminal et, une fois que vouz avez chargé le module de ParaView dans votre environnement, lancez ParaView via la commande

vglrun paraview

Vous pouvez alors travailler en interactif sur les machines de prepost.

Exécution de ParaView via VirtualGL

Connectez-vous aux machines de prepost via

vglconnect -s USER@prepost-machine

USER est votre nom d’utilisateur sur la machine prepost-machine. Ici prepost-machine est le nom que vous utilisez pour vous connecter par SSH à la machine prepost-machine de votre choix depuis votre poste de travail (i.e. conforme à votre configuration du fichier .ssh/config)

Sur la machine prepost-machine, selectionner le module ParaView disponible ou le choisir via la comande module

module avail |& grep -i paraview

Lancer ParaView dans un terminal avec

vglrun paraview

Exécution de ParaView en mode client-serveur

Avec cette fonctionnalité, vous travaillez avec un client ParaView qui se connecte à une instance de ParaView s’exécutant sur un noeud ou sur les machines de prepost. Votre client peut tourner soit sur une des machines de prepost, avec le même type de connection que ce qui est décrit dans les sections précédentes, soit sur votre portable en local, à conditio que les versions utilisées soient identiques.

Le mode client-serveur est généralement efficace. Le serveur peut également être lancé en parallèle sur plusieurs coeurs ou plusieurs noeuds de calcul.

Il est important que les versions du client et du serveur soient les mêmes. Pour connaître la version que vous avez chargé dans votre environnement via la commande module, vous pouvez faire

pvserver -V

Par exemple, sur la prepos-haswell

MODULEPATH=/softs/eb/t16/modules/all
module load ParaView/5.9.1-foss-2021a-mpi

pvserver -V

renvoie

paraview version 5.9.1

Si vous utilisez le client sur votre machine distante, il faut alors que vous ayez récupéré le binaire correspondant, soit

wget https://www.paraview.org/paraview-downloads/download.php?submit=Download&version=v5.9&type=binary&os=Linux&downloadFile=ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit.tar.gz

Démarrage du serveur

Vous pouvez lancer le serveur ParaView en parallèle sur plusieurs processus avec une réservation via salloc, par exemple en faisant

salloc -N 1 -n 16 -p test

Dans ce cas, vous lancez le serveur ParaView en parallèle sur 16 processus dans le queue test

MODULEPATH=/softs/eb/t16/modules/all
module purge
module load ParaView/5.9.1-foss-2021a-mpi
export PV_ACCESSPORT=11111

mpirun -np 16 pvserver --server-port=$PV_ACCESSPORT

Le serveur vous informe de son démarrage via

Waiting for client...
Connection URL: cs://haswell-t16-01:11111
Accepting connection(s): haswell-t16-01:11111

Il vous suffit alors de lancer un client sur ce serveur, ce qui affichera

Client connected.

Client sur la prepost

Pour lancer le client depuis une prepost, il suffit de procéder de la même manière, par exemple en se connectant à la prepost avec VirtualGL

vlgconnect -s USER@prepost-haswell

et exécuter ParaView

vglrun paraview

Configurer la connexion au serveur dans ParaView avec les options

Host: haswell-t16-01
Port: 11111

Client local

Lancer en local un tunnel SSH sur le premier noeud du serveur ParaView

ssh -N -L localhost:11111:haswell-t16-01:11111 haswell-t16-01 -J prepost-haswell.ecl

et localement lancer votre client ParaView (de version compatible) en confiurant la connexion au serveur par

Host: localhost
Port: 11111