Bienvenue sur la documentation du PMCS2I

Pour débuter

• Qu’est-ce qu’un cluster ?
  • Terminologie
  • pdf de présentation
• Création de compte
• Connexion aux machines
  • Connexion depuis le réseau de l’École Centrale de Lyon
  • Connexion depuis l’extérieur du réseau de l’École Centrale de Lyon
• Tutoriel pour calculer, pas à pas
  • Exemple de code
  • Transfert sur le cluster
  • Compilation
  • Script SLURM
  • Soumission du job
  • Sorties du job
  • Réalisation d’une exploration paramétrique
  • Analyse des résultats
• Contacter le support

Ressources

• Le datacentre de l’École Centrale
• Moyens de calcul
  • Machines interactives
  • Noeuds de calcul
  • Partitions (queues de calcul)
• Espaces disques
  • Volumes communs
  • Espaces de stockage
• Visualisation à distance
  • Machines équipées de carte graphique
  • Logiciels de visualisation graphique
• Ateliers et Séminaires Pour l’Informatique et le Calcul Scientifique

Accès et transferts

• Accès en ligne de commande via SSH
  • Passerelle SSH
  • Utilisation d’une clef SSH
  • Configuration de votre connexion
• Accès graphique via X2Go
• Transférer des fichiers depuis et vers les machines de calcul
  • En ligne de commande
  • Avec un client graphique

Soumettre des jobs

• SLURM, notions de base
  • Fichier batch
  • Job
  • Job steps
  • Partition
• Principales commandes
  • Avant de soumettre un job
  • Soumettre un job
  • Après soumission du job
  • Une fois l’exécution du job achevée
  • Options pour les soumissions à SLURM
  • Principales variables de l’environnement SLURM
  • Jobs MPI
  • Jobs OpenMP
• Exemples de scripts SLURM
  • job séquentiel
  • job MPI
  • job OpenMP
  • job Hybride MPI/OpenMP
  • job GPU
  • job interactif
  • job interactif sur GPU
• Allocation mémoire
  • Mémoire par coeur
  • Mémoire par noeud
  • Connaître la RAM de chaque noeud
  • Estimer la mémoire RAM requise pour vôtre tâche
  • Monitorer l’usage de la mémoire RAM
• Suivi, comptabilité et analyse des tâches effectuées
  • Suivi des jobs en cours
  • Comptabilité
  • Analyse
• Dépendances entre les tâches
  • Syntaxe
  • Exemples
• Questions fréquentes
  • Mon job reste en queue. Pourquoi ne démarre-t’il pas ?
  • Comment faire pour que mon job commence plus tôt ?
  • Pourquoi SLURM n’affiche pas la dat de démarrage de mon job ?
  • Pourquoi mon job s’est arrêté alors que mon calcul n’est pas fini ?
  • sbatch error: Socket timed out on send/recv operation
  • Mon job plante avec le message Illegal instruction

Logiciels disponibles

• Modules installés
• Logiciels spécifiques

Tutoriels

• Ateliers et Séminaires Pour l’Informatique et le Calcul Scientifique
• Introduction à la ligne de commande UNIX/Linux
• Éditeurs
• Utiliser git
• Travailler dans un environnement Python
• Travailler avec un Jupyter Notebook
• Exemple d’utilisation de MPI